雙脫氧鏈末端終止法的巧妙之處在于引入了雙脫氧核苷三磷酸（dlNTP)作為鏈合成的終止劑，結果獲得一系列有相同起點端而終止端在長度上相差僅一個核苷酸的以A、T.G.C為結尾的四組由所有可能長度核苷酸片段組成的DNA片段群，通過聚丙烯酰胺凝膠變性電泳，將以上在長度上差一個核苷酸的DNA片段群相互分開，最后通過放射自顯影將經變性電冰分開的DNA片段進行顯色和分析。采用毛細管電冰技術，應用四色熒光染料標記ddNTP，采用基因分析儀（即DNA測序儀）已可對序列測定自動化，分析結果能以凝膠電冰圖譜、熒光吸收峰圖或堿基排列順序等多種形式輸出。DNA序列分析常用于分析未知或已知的基因突變。

方法1——以反轉錄產物為模板，擴增內參基因。理論上，cDNA是長短不一的DNA片段，所以電泳的結果模糊一片，如果RNA豐度低，電泳也可能是無產物，但是這種情況不代表PCR會無結果。檢測cDNA一般可以用內參基因，擴增有結果，說明cDNA的質量基本可以保證。

方法2——以反轉錄產物為模板，擴增已知的目的基因。如果有已知以此模板擴出來的基因，可以用此基因的引物驗證。通常內參基因在cDNA中豐度高，很容易擴出。如果cDNA因為各種原因導致部分降解，從幾率的角度講，就會大大影響低豐度的目的基因的PCR結果，而內參因為依然是高豐度，擴增很可能不受影響。