1． 膜與凝膠接觸不良，在印跡與凝膠之間存在氣泡或多余的緩沖液使用試管或移液管在膜表面向不同方向小心滾動，直至膜與凝膠之間的氣泡和多余的緩沖液被完全排出，即做到膜與凝膠的完全接觸。
在凝膠/膜的三明治中使用厚一些的濾紙。更換纖維襯墊。長時間的擠壓會使襯墊變薄，不能有效地壓緊膜和凝膠。
2． 功率條件太高
轉移開始時一定檢測電流。特定的電壓設定會使電流過高。如果緩沖液配制不當，電導率會過高，造成過多的力提供給電泳槽。
3． 膜沒有被完全浸濕或者已經干燥
硝酸纖維素膜上的白色斑點顯示蛋白質不能結合的干燥區域。如果將膜沉浸在緩沖液中不能立即浸濕，可以加熱蒸餾水至沸點以下，將膜全部浸泡，再以緩沖液平衡至可以使用。
因為 PVDF 的疏水特性，PVDF 膜在以水性轉移緩沖液平衡之前必須先用甲醇完全浸濕。請遵循產品指南操作。
4． 凝膠電泳可能存在錯誤
電泳的不正�？赡苡捎谀z聚合不好、不合適的電泳條件、被污染的緩沖液、樣品過載等因素引起。
